关于菩提子是什么，众说纷纷，有人认为，菩提子是菩提树上结的果子,当年如来在菩提树修成正果；而也有人认为，菩提本无树，何来菩提子。只是后人看到木患子感觉象菩提子，定名为菩提子。

有这么两种说法：

一、其实菩提子并非菩提树所结的果实，而是名字叫川谷的草本植物。木本者为其别种，而现今，菩提早已是一个通称了，代表着 “觉悟‘的含义。《大唐西域记》云： 菩提树者，即毕钵罗之树也，昔佛在世，高数百尺，屡经残伐，犹高四五丈，佛坐其下，成等正觉，因而谓之菩提树焉。 而以菩提来命名的佛珠质料，总计有三十多个品种。这其中有依产地来命名的，如天台菩提、天竺菩提等，有依纹理来命名的，如星月菩提、凤眼菩提等。

二、菩提子乃西藏语 bo-di-ci 之果，而非指菩提树之果实，产于雪山附近。其树属一年生草本，春天生苗，茎高三、四尺，叶如黍，开红白花，呈穗状；夏秋之间结实，圆而色白，有坚壳，如珐琅质，俗用为念佛之数珠，故称菩提子。木本者为其别种，我国唯天台山有之，称为天台菩提。又于本草纲目无患子条中，举出无患子之七种异名，其中之一即称菩提子。校量数珠功德经（大一七·七二七中）：”若菩提子为数珠者，或用掐念，或但手持，数诵一遍，其福无量。”